Dès l'origine de la Ferme aux Crocodiles, Luc et Éric Fougeirol ont travaillé en partenariat avec des scientifiques Français et étrangers.

De nombreuses études ont déja été réalisées en collaboration avec la Ferme aux Crocodiles :

- Écartement de la pupille des crocodiles par rapport à l'intensité lumineuse. (Étudiants en biologie de l'Université de Paris)

- Banque de données génétiques du crocodile. (Sandrine Hugues, C.N.R.S. Lyon)

- Développement des dents des crocodiles au stade embryonnaire. (Vivian de Buffrenil, Museum d'Histoire Naturelle de Paris)

- Développement du système vestibulaire chez la tortue. (Christian Chabert, C.N.R.S. Montpellier)

- Différence de granulométrie entre les oeufs. (Samuel Martin, École Vétérinaire de Lyon)

- Comparatif entre les empreintes de crocodiles et celles de certains dinosaures. (Jean-Paul Billon Bruyat et Jean-Michel Mazin C.N.R.S. de Poitiers)

D'autres études sont actuellement en cours.